某天，彼方遭到正体不明的怪物们袭击。救了他的人是神秘的蓝发少女空。她向彼方寻求帮助，对他说“只有你能拯救世界！”。为了从希望利用黑暗之力肆意操控世界的千寿等人手里拯救世界，彼方、空、吸血鬼兄妹冬夜和夕奈，与龙马、神威、半…

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓…

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一…