知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇：一…

本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持……众人被逼留在过去，最坏的情况是…