2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NER…

维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏。交谈中得知有个叫比留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，但熏不是对手。五兵卫手起刀落，眼看熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了…